Morelos se encuentra entre los 9 estados con alto endemismo de flora. Se tienen registradas 3,845 especies de plantas, incluyendo algas, musgos, hepáticas, helechos y fanerógamas, 480 hongos. Además se reconocen en la actualidad 21% de las especies de mamíferos mexicanos,33% de las especies de aves,14% de las especies de reptiles y el 10% de plantas vasculares reportadas para el país, ubicándose a nivel nacional en la 17ava posición, en cuanto a riqueza de especies. La fauna del Estado de Morelos está representada por 3,622 especies entre invertebrados y vertebrados
Las aves son quizá el grupo más biodiverso de las Barrancas de Cuernavaca.
En el grupo de los anfibios y reptiles se destaca la distribución potencial de 31 especies.
Morelos en función de su superficie dentro del territorio Nacional, cuenta con la mayor diversidad de plantas al contar con 600 especies cada 1,000 km2 y vertebrados con 120 especies por cada 1,000 km2, además que las zonas de barrancas contienen biodiversidad de gran importancia para los ecosistemas y especies que se registran para el estado.
Se puede inferir que las barrancas de Cuernavaca son un importante reservorio de biodiversidad al contar con el 40% de los ecosistemas nacionales y zonas ecológicas
